อลิซถูกส่งตัวมาที่สถานบำบัดอีกครั้ง โดยการดูแลของ Dr.Wilson เธอถูกกร่อนผมจนหมดและถูกจับมัดเอาไว้อย่างเหี้ยมโหด เดินออกจากห้องไปตามทางจิตของอลิซจะเริ่มส่งภาพหลอนต่างๆนานาออกมา ข่าวสารทั้งหมดที่เธอได้มาจากทุกคนพลั่งพลูเข้ามาจนเธอปั่นป่วนไปหมด อลิซเดินออกมาจนถึงสวนด้านนอกที่เต็มไปด้วยหมอก เดินไปตามไฟของเสาไฟไปด้านในจนพบศพเด็กขาด 2 ท่อนที่หน้าบ้านของเธอที่กำลังไฟไหม้ จิตใจที่ปั่นป่วนของเธอส่งอลิซเข้ามาในโลก Wonder Land อีกครั้ง



The Dollhouse – อลิซจะเข้ามาในโลกแห่งบ้านตุ๊กตา โดดไปด้านในตามจุดพ่นลมไปแผ่นไม้ด้านบน เอาระเบิดวางบนแท่นให้แผ่นไม้ออกมาให้โดดไปทางขวาเข้าประตูไป ย่อส่วนเข้าประตูไปด้านในจะมีทางแยกด้านบนกับทางขวา เลือกไปทางไหนก็ได้ทั้ง 2 ทางจะไปบรรจบกันที่ด้านหน้าบ้าน D เข้าไปสับคันโยกแล้วโดดลงล่างย่อส่วนเข้าประตูเล็กไปด้านในทุบพนังขนมปังเข้าไปสับคันโยกพื้นบ้านจะกลับด้านให้มีประตูเล็กที่พื้น ย่อสว่นลงไปด้านล่างแล้วทำลายพื้นขนมปังลงมาด้านล่างจัดการศัตรูให้หมดแล้วเข้าไปตามทางจนถึงบ้านตุ๊กตา (Fort Resistance) พวกตุ๊กตาจะออกมาขอความช่วยเหลือกับอลิซคุยจบ Dollgirl จะออกมาจัดการทำลายมันซะแล้วเดินเข้าไปตามทางที่ปเดออกทางซ้ายเข้าไปในรูตรงเป้าของตุ๊กตา

เข้าไปด้านในจนถึงบ้านด้านใน โดดจุดลมหลังบ้านไปสับคันโยกในบ้านด้านหลังพนังทางขวาจะเปิดออกโดดเข้าไปด้านในบ้านนั้น เข้าไปจัดการศัตรูให้หมดแล้วโดดจุดพ่นลมขึ้นไปด้านบนเอาระเบิดวางบนแท่นให้ประตูด้านในเปิดแล้วรีบโดดเข้าไปที่บ้านตรงข้าม ขึ้นไปชั้นบนสับคันโยกให้พนังบ้านเปิดออกแล้วโดดไปด้านในต่อ เข้าไปสับคันโยกให้พื้นไม้ด้านหลังผลิกเอาจุดเด้งตัวออกมา เด้งตัวขึ้นไปทางขวาบนของชั้น 2 ของบ้านจัดการศัตรูให้หมด แล้วพนังบ้านจะเปิดออกเข้าไปเอารเบิดวางบนแท่นให้พื้นไม้และเป้าแดงออกมา โดดไปยิงเป้าแดงด้านบนให้ทันแล้วโดดไปที่พนังบ้านที่เปิดออกขึ้นไปชั้น 2 ของบ้านทางขวาโดดจุดเด้งตัวไปสับคันโยกให้ประตูออกมา เข้าไปแล้วโดดตามพื้นล่องหนขึ้นมาด้านบนต่อ เอาระเบิดวางบนแท่น บ้านหลังบนจะลดต่ำลงมาเสมอกับบ้านด้านล่าง รีบโดดเข้าไปในบ้านนั้นแล้วขึ้นไปชั้น 2 ทะลุเข้าไปในบ้านด้านในทำลายพนังเข้าไป ออกมาที่ลานกว้างจัดการศัตรูให้หมดแล้วพนังบ้านด้านในจะเปิดออก โดดจุดพ่นลมขึ้นไปชั้น 2 สับคันโยกให้พื้นเปิดออกให้โดดลงไปชั้นล่างโดดไปที่จุดเด้งตัวขึ้นไปด้านบน


ขึ้นมาแล้วทุบกำแพงออกไปโดดไปตามจุดลมหาจัวหวะหลบตุ๊กตาหัวขาดที่นั่งแกว่งชิงช้าขัดขวางทางโดดอยู่ โดดขึ้นไปถึงชั้นบนของฝั่งตรงข้ามสับคันโยกให้พนังบ้านด้านในเปิดออก โดดเข้าไปในบ้านนั้นด้านในจะเจอจุดแก้ปริศนาบล็อกภาพที่หายไป หาบล็อกที่หายไปกลับมาเพื่อต่อรูปภาพให้สมบูรณ์
- ขึ้นมาขั้น 2 เข้าห้องด้านในเก็บบล็อกแรกมา แล้วทำลายกำแพงเข้าไปเอาระเบิดวางบนแท่นให้ประตูด้านในแล้วด้านบนเปิดออกรีบโดดขึ้นพื้นล่องหนด้านในขึ้นไปด้านบนเข้าประตูด้านบนเป็นเก็บบล็อกที่ 2 มา
- ลงมาชั้นล่างจัดการศัตรูให้หมดแล้วทำลายกำแพงไปเก็บบล็อกที่ 3 ย่อส่วนเข้าไปในประตูเล็กในชั้นล่างนี้เข้าไปเก็บบล็อกที่ 4 มา
จากนั้นจัดเรียงภาพเด็กร้องไห้ให้สมบูรณ์ พนังด้านในจะเปิดออกโดดขึ้นไปบสับคันโยกทำให้จุดเด้งออกมาตรงกลาง โดดเด้งตัวโดดขึ้นไปชั้น 2 ของบ้านหมายเลข 8 เข้าไปด้านในโดดพื้นล่องหนขึ้นไปด้านบนจนพบกับกล่องดนตรี เมื่ออลิซเข้าไปหมุนจะทำให้มีหัวตุ๊กตาเด้งเข้าไปด้านในบ้านตุ๊กตา บังคับหัวตุ๊กตาในฉาก Pinball ให้หัวตุ๊กตากลิ้งเข้าไปตามบ้านตุ๊กตาจนมาถึงทางออก

จากนั้นเดินเข้าไปด้านในจัดการศัตรูให้หมดทำลายกำแพงเอาระเบิดวางบนแท่นจะทำให้กับดักใหญ่ด้านในกระจกหายไปรีบขึ้นไปชั้น 2 โดดลงไปที่ห้องด้านในของกระจกรีบเข้าไปส่วนในก่อนกับดักหนามจะขึ้นมา หลบกับดักหนามเข้าไปด้านในทำลายกำแพงเอาระเบิดวางบนแท่นให้กับดักด้านในหายไปแล้วรีบขึ้นไปชั้นบนทางบันไดขวา ย่อส่วนเข้าไปด้านในผ่านกับดักให้ทันก่อนหนามจะขึ้นมา เข้าไปด้านในจะพบแท่นวางระเบิด 2 แท่นตรงหน้าทางเดินยาว วางระเบิดทับแท่นทางขวาให้กับดักที่ทางเดินยกขึ้นไปก่อนแล้วเดินมาเหยียบแท่นทางซ้ายจะทำให้ประตูด้านในเปิดออก มันจะค่อยๆปิดลงมาช้าๆรีบเข้าไปด้านในให้ทัน วิ่งเข้าไปจนถึงันโยกด้านในให้เส้นทางด้านในเปิดออก วิ่งตรงเข้าไปตามทางที่เปิดออกยาวเข้าด้านในต่อ

เข้ามาแล้วโดดขึ้นไปยืนบนเสาถ่วงน้ำหนักทางขวาให้มันต่ำสุดแล้วเอาระเบิดทับเอาไว้แล้วกด LB แล้วรีบโดดพื้นล่องหนขึ้นไปด้านบนที่เสาถ่วงน้ำหนักทางซ้ายที่ขึ้นสูงสุดขึ้นมาด้านบน จะพบเสาถ่วงน้ำหนักอยู่ 2 เสาโดดไปยืนเสาทางขวาให้มันต่ำสุดแล้วเอาระเบิดทับเอาไว้แล้วรีบโดดไปที่เสาทางซ้ายที่ยกตัวขึ้นสูงขึ้นไปด้านบนพื้นไม้ แล้วหย่อนระเบิดลงไปวางบนเสาถ่วงน้ำหนักด้านซ้ายที่เพิ่งเหยียบขึ้นมาเมื่อครู่ ให้เสาทางขวายกตัวขึ้นสูงแล้วโดดไปที่เสาทางขวาขึ้นไปด้านบนทางขวาได้
เข้ามาด้านในจะพบตุ๊กตาขนาดใหญ่ถูกมัดอยู่ 3 ตัว แล้วกด LB โดดไปตามพื้นล่องหนไปทางขวายิงเป้าแดงให้พื้นล่องหนออกมาเพิ่มที่ด้านในแล้วโดดไปด้านในผ่านกับดักหนามไป เข้ามาด้านในเอาระเบิดทับแท่นแล้วโดดไปยิงเป้าแดงที่ออกมาทางขวาตรงพื้นกับดักให้มันก่อนกับดักหนามจะขึ้นมาแล้วโดดไปที่พื้นไม้ฝั่งตรงข้าม ข้ามาแล้วเอาระเบิดทับแท่นแล้วกด LB รีบโดดพื้นล่องหนไปทางขวาเข้าไปในห้องพื้นกับดักหนามชั้นกลางรีบยิงเป้าแดงให้ทันแล้วพนังบ้านด้านในจะเปิดออก

โดดเข่าไปในบ้านทะลุออกมาหลังบ้านวางระเบิดบนแท่นให้กับดักที่พื้นด้านในและหนามบนเสาด้านในลดลงก่อนแล้วรีบโดดผ่านไปตามเสาด้านในจนถึงทางเข้าด้านในสุดได้ แล้วกด LB โดดไปตามพื้นล่องหนต่อจนถึงด้านในจัดการศัตรูให้หมดแล้วทำลายพนังเข้าไปด้านในจะเป็นห้องกว้างที่มีประตู 666 อยู่ตรงกลางและที่พื้นกระจกด้านล่างพื้นกระจกเป็นห้องกับดักอีกชั้น เข้าไปสับคันโยกด้านในจะทำให้ประตูด้านในประตูเล็กเปิดออก ย้อนกลับออกไปที่ประตูเล็กทางขวาย่อส่วนเข้าไปจนถึงด้านในห้องกับดักใต้พื้นกระจก หลบกับดักเข้าไปด้านในเอาระเบิดวางบนแท่นให้เป้าแดงออกมา รับเข้าไปห้องกับดักส่วนในเข้าไปยิงเป้าแดงให้ทันประตูหมายเลข 4 ด้านในจะเปิดออก ยืนบนพื้นเลื่อนบนพื้นหนามตรงทางเดินเข้าไปในห้องเลข 4 เข้าผ่านไปย่อส่วนเข้าไปในประตูเล็กหมายเลข 5 สับคันโยกด้านในจะทำให้ประตูหมายเลข 666 ด้านบนพื้นเปิดออก กลับขึ้นไปเข้าประตู 666 เข้าไปด้านในจะพบจุดโดดสีฟ้าขึ้นด้านบน

สไลด์ตัวลงมาบนทางลื่นด้านล่างเข้ามาด้านในจะพบจุดโดดลมมากมาย แต่เน้นไปที่เสาถ่วงน้ำหนัก 2 เสาโดดไปยืนให้เสาอันซ้ายต่ำสุดวางระเบิดทับไว้แล้วโดดไปที่เสาอันขวาที่ขึ้นสูงเพื่อโดดจุดลมไปสับคันโยกด้านบนให้ประตูกระจกด้านในเปิดออก จากนั้นก็ยืนที่เสาอันขวาให้มันลงต่ำสุดวางระเบิดทับไว้แล้วโดดไปที่เสาอันซ้ายที่ขึ้นสูงเพื่อโดดไปฝั่งซ้ายบนเข้าไปด้านในได้ เข้าไปเอาระเบิดวางทับเสาถ่วงน้ำหนักอันแรกให้ต่ำลงแล้วโดดไปตามจุดลมและพื้นล่องหนไปที่เสาด้านในที่กำลังยกตัวขึ้นสูงสุดแล้วโดดขึ้นไปชั้นบนต่อ เข้ามาแล้วจะพบว่าเป็นเส้นทางที่เต็มไปด้วยกับดักหนาม หลบกับดักเข้าไปด้านในยิงทำลายพนังเข้าไปจัดการศัตรูให้หมดในห้องแล้วสับคันโยกจะมีลิฟต์ขนาดใหญ่รูปบ้านลงมารับอลิซขึ้นด้านบน

ขึ้นมาที่บ้านตุ๊กตาช่วงบน โดดเข้าไปเดินผ่านไปตามหัวตุ๊กตาไปที่พื้นที่ด้านบนอีกฝั่ง เอาระเบิดวางบนแท่นให้หัวตุ๊กตาตัวบนหันทางเข้าออกมาให้โดดเข้าไปที่ทางเข้าทะลุเข้าไปด้านตรงข้ามต่อ ขึ้นมาด้านบนจัดการศัตรูให้หมดเข้าไปด้านในเอาระเบิดทับแท่นให้หัวตู๊กตาตรงข้ามหมุนเอาทางเข้าด้านหน้าออกมาแล้วโดดจุดพ่นลมลอยตัวไปที่หัวตุ๊กตาทะลุปากมันเข้าไปอีกด้านโดดต่อไปจนถึงด้านบนเอาระเบิดวางบนแท่นให้หัวตุ๊กตาเลื่อนขึ้นมาอีกแล้วโดดไปที่หัวตุ๊กตาผ่านทะลุมาอีกด้านโดดขึ้นไปบนชั้น 2 ของบ้านในห้องตุ๊กตาแล้วโดดมาที่สนามด้านหลังจะกลับมาที่บ้านตุ๊กตา (Fort Resistance) อีกครั้ง เก็บไอเทมในบ้านให้หมดแล้วออกไปตามทางเดินด้านขวาที่เปิดออกเข้าไปในช่องตูดตุ๊กตาที่นอนให้ท่าอยู่

เข้ามาจนถึงบ้านตุ๊กตาใหญ่ เข้าไปที่ชั้นล่างจัดการศัตรูให้หมดแล้วขึ้นไปด้านบนสับคันโยกให้มีกล่องออกมาใช้ปีนขึ้นชั้น 2 เข้าไปสำรวจที่เปียนโนของเล่นแล้วทำการกดโน๊ตตามที่ขึ้นมาให้จบเพลงแล้วพนังบ้านจะเปิดออก โดดต่อเข้าไปตามทางจนถึงหมู่บ้านตุ๊กตา เข้าไปที่บ้านหลังซ้ายบนสำรวจกล่องดนตรีแล้วหัวตุ๊กตาจะกระเด็นเข้าไปในบ้านเป็นมินิเกมส์หัวตุ๊กตา Pinball อีกครั้ง เมื่อกลิ้งมันจนถึงทางออกแล้ว อลิซจะเข้าด้านในต่อจัดการศัตรูให้หมดเด้งตัวที่จุดเด้งตัวโดดไปที่ด้านบนทางขวาบน จะเข้ามาถึงประตูบ้าน Liddell ที่กำลังไฟไหม้ อลิซจะเข้าไปฟื้นความทรงจำในเหตุการ์รไฟไหม้จนเริ่มจำได้แล้วว่าใครเป็นเจ้าของกุญแจและตัวการที่เผาบ้านและฆ่าพ่อแม่ของเธอ ออกจากบ้านแล้วเข้าไปด้านในจะเข้าไปที่โรงงานตุ๊กตา



โรงงานตุ๊กตา – ถึงจะดูซับซ้อนแต่สามารถเดินเข้าไปตามบันไดเข้าไปด้านในได้ตรงๆเลย เข้ามาในห้องของ Dollmaker อลิซจะขอให้เขาช่วยหยุดรถไฟแห่งโชคชะตาและอยากรู้ความจริงว่าใครเป็นฆาตกรวางแผนฆ่าพ่อแม่เธอและป้ายความผิดให้เธอ Dollmaker จับอลิซทำเป็นตุ๊กตาแล้วพาวาร์ปไปที่แห่งหนึ่งที่จะบอกความจริงกับเธอ
อลิซวาร์ปมาที่ลอนดอนในอีกมิติ เดินเข้าไปด้านในจนถึงทางรถไปสถานีรถไฟใต้ดิน จะได้พบกับ Bumby อลิซจะถามมันว่าทำไมต้องฆ่าพ่อแม่ของเธอ จิตของอลิซกำลังปั่นป่วนกับโลกแห่งความจริงและ Wonder Land โลกแห่งจินตนาการของเธอ อลิซสลับความรู้สึกกับอีกโลกหนึ่งไปมากับโลกแห่งความจริงปะติดปะต่อทุกๆคำพถดของทุกคนในโลกแห่งความจริงและตัวละครในจินตนาการณ์ที่เธอสร้างขึ้นใน Infernal Train จนรู้ความจริงทั้งหมดว่า Bumby วางแผนที่จะใช้เด็กที่เขารักษาทุกคนเป็นเครื่องมือในการสร้างผลงานทางวิทยาศาสตร์ที่เขาค้นคว้า ซึ่งอลิซเป็นคนไข้ที่มีคุณค่ามากที่สุดเพราะเธอเข้าไปสู่ Wonder Land โลกแห่งจินตนาการของเธอได้ Bumby จึงวางแผนเผาบ้านของอลิซแล้วล็อกห้องไม่ให้พ่อแม่ของอลิซออกมาจนต้องโดนไฟครอกตายทั้งคู่และป้ายความผิดให้อลิซว่าเกิดจากความผิดปกติของสมองทำให้เขาเป็นเจ้าของไข้และดูแลอลิซในการวิจัยของเขาได้ตลอดไป

Infernal Train – อลิซเข้ามาสู่ Infernal Train เดินเข้าไปด้านในจนถึงหัวขบวนจะพบกับ Dollmaker ซึ่งก็คือตัวละครที่อลิซสร้างขึ้นมาจาก Bumby ในโลกแห่งความเป็นจริงนั้นเอง Boss Dollmaker ช่วงแรกมันจะปล่อยมือออกมาทำร้ายอลิซที่ละข้างยิงไปที่กระโหลกบนฝ่ามือมันจนทำลายมันลงได้ทั้ง 2 ข้าง ตัวของ Dollmaker จึงจะออกมาโจมตีพร้อมๆมือโครงกระดูกทั้ง 2 ข้าง ซึ่งมือทั้ง 2 จะเป็นตัวขัดขวางเท่านั้นให้เน้นโจมตีไปที่ตัวของมันตอนที่มือมันจับเสาก็จะจัดการมันได้

อลิซกลับมาในโลกแห่งความเป็นจริงในสถานีรถไฟใต้ดินเมื่อเธอรู้เรื่องราวทั้งหมดแล้วอลิซจึงผลัก Bumby ให้รถไฟทับตายแล้วเอากุญแจหลักฐานกลับคืนมา ถึงแม้ทุกอย่างจะคลี่คลายลงแล้วแต่จิตใจของอลิซที่สูญเสียและวิปลาศไปในเหตุการ์ณครั้งนี้ไม่อาจหวนคืนเป็นปกคิได้อีกแล้ว เธอไม่สามารถแยกแยะระหว่างโลกแห่งความจริงและโลกแห่งจินตนากรณ์ได้อีกต่อไปแล้ว อลิซจ้องมองเมืองลอนดอนที่ผสมปนเปไปกับโลก Wonder Land จนไม่สามารถแยกจากกกันได้อีกแล้วแต่อย่างน้อย Wonder Land โลกแห่งจินตนาการณ์ของเธอก็เป็นที่เดียวที่อลิซสามารถเข้าไปอยู่ได้โดยไม่มีความเข็บปวดใดๆเข้ามารบกวนจิตของเธอ